Manuscritos del Mar Muerto

Según los Manuscritos del Mar Muerto, escritos antes del Primer Impacto y encontrados después del Segundo, la habitación de Gauf (lugar donde residen las almas) se vacía, dando lugar al inicio de un nuevo ciclo. La asociación SEELE pretende cambiar el curso de la historia haciendo uso de los manuscritos, luego de comprobar la veracidad de sus profecías. En el 2004 GEHIRN, creada por SEELE, se encarga de prevenir el ataque de los ángeles y comienzan a terminarse las primeras unidades EVANGELION, clonadas de Adán con el propósito de vencerles. Paralelamente, se configura el Proyecto de Instrumentalización Humana a cargo de SEELE, como método de evolución y perduración artificial, basándose en los manuscritos y proponiendo la unificación. Luego del primer experimento de sincronización con los EVAs, Yui Ikari es absorbida por el EVA-01. Este acontecimiento lleva a Gendou, su esposo, a elaborar su propio plan de Complementación Humana. NERV, por su parte, combate a los ángeles para evitar un posible Tercer Impacto en sucesivas batallas haciendo uso de los EVAs, los cuales son piloteados por los llamados Elegidos, cada de ellos con sus propios demonios internos. Al final, el tercer elegido encuentra su identidad como individuo y rechaza la unificación y la idea de “morir para vivir” propuesta por el plan de SEELE y elige simplemente vivir. A esas alturas, el Tercer Impacto ha sido provocado y los cuerpos han sido reducidos a LCL (el caldo de la vida) y sólo él (Adán) y Asuka (Lilith) han sobrevivido. Esto es un nuevo génesis obedeciendo a la Forma Comunitaria de la dimensión individual del ser humano. El resto será detallado a continuación.